L'Algar de Benagil s'est formé sur plus de six millions d'années, lorsque les tempêtes atlantiques ont creusé une brèche en trou de serrure à travers le calcaire jurassique, créant une rotonde naturelle de 25 mètres de large avec un oculus laissant passer une colonne de lumière. Les pêcheurs locaux s'y abritaient au XIXe siècle, tirant leurs bateaux sur la plage de sable à l'intérieur lorsque les vents d'ouest balayaient la côte. Le dôme est resté inaccessible sauf par la mer jusqu'à ce que les organisateurs de kayak commencent à proposer des sorties guidées depuis Albufeira au début des années 2000, transformant un refuge de pêche obscur en l'une des grottes marines les plus photographiées d'Europe. Aujourd'hui, la grotte de Benagil ancre une étendue de sept kilomètres de côte karstique entre Praia da Marinha et Carvoeiro, où l'érosion a sculpté plus de 40 grottes navigables, ponts naturels et évents dans les falaises ocre. Les géologues classent ces formations comme des grottes de dissolution : l'eau de mer a dissous le carbonate de calcium le long des fractures verticales, puis l'action des vagues a creusé des chambres horizontales. La couleur dorée de la grotte cathédrale provient de l'oxyde de fer dans les strates calcaires, intensifiée par le soleil de l'après-midi filtrant à travers l'ouverture du plafond. Les expéditions en kayak partent de la marina d'Albufeira entre l'aube et le crépuscule, couvrant huit à douze milles marins selon la houle et le vent. Les guides programment les départs en fonction des marées : la marée basse expose les plages de galets à l'intérieur des grottes, tandis que les marées de vive-eau poussent l'eau à moins de deux mètres des plafonds. Les grands dauphins de l'Atlantique patrouillent les bancs au large toute l'année, et les migrations d'automne amènent les dauphins communs et bleus et blancs à moins de 500 mètres des falaises. L'itinéraire de kayak passe par les arches jumelles de Praia da Marinha, longe l'amphithéâtre effondré de Gruta do Capitão et accoste sur la plage intérieure de Benagil pour vingt minutes sous le dôme. Les organisateurs limitent la taille des groupes à douze kayaks pour réduire la congestion à l'intérieur de la chambre, où les navires à moteur sont interdits dans une zone d'exclusion de 200 mètres. Le secteur de la visite de la grotte de Benagil en kayak au départ d'Albufeira fonctionne désormais sous des règles de licence municipales introduites en 2024, limitant les mises à l'eau quotidiennes de kayaks à 180 et exigeant des guides océaniques certifiés pour tous les départs. La plupart des opérateurs proposent des alternatives en bateau semi-rigide pour les visiteurs peu à l'aise avec des sorties de trois heures, bien que ces navires ne puissent pas pénétrer dans l'intérieur peu profond de la grotte cathédrale. Les départs matinaux entre 07:30 et 09:00 évitent le trafic intense des bateaux et offrent les conditions de mer les plus calmes, en particulier pendant les vents thermiques de l'après-midi en été.